Index

_

__getitem__() (prokbert.prok_datasets.IterableProkBERTPretrainingDataset method)

__init__() (prokbert.prok_datasets.IterableProkBERTPretrainingDataset method) (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method)

B

BaseConfig (class in prokbert.config_utils) batch_decode() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1]

batch_encode_plus() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1] batch_tokenize_segments_with_ids() (in module prokbert.sequtils)

C

cast_to_expected_type() (prokbert.config_utils.BaseConfig method) check_expected_columns() (in module prokbert.general_utils) check_file_exists() (in module prokbert.general_utils)

convert_ids_to_tokens() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1] create_directory_for_filepath() (in module prokbert.general_utils) create_parser() (prokbert.config_utils.BaseConfig static method)

D

decode() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1] default_cls_token (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) default_mask_token (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute)

default_pad_token (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) default_sep_token (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) default_unk_token (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) describe() (prokbert.config_utils.BaseConfig method)

E

encode() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1]

encode_plus() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1] extended_nucleotide_abc (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute)

F

from_pretrained() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer class method), [1]

G

generate_kmers() (in module prokbert.sequtils) get_and_set_computational_parameters() (prokbert.config_utils.SeqConfig method) get_and_set_datacollator_parameters() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) get_and_set_dataset_parameters() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) get_and_set_finetuning_parameters() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) get_and_set_model_parameters() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) get_and_set_pretraining_parameters() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) get_and_set_segmentation_parameters() (prokbert.config_utils.SeqConfig method) get_cmd_arg_parser() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) (prokbert.config_utils.SeqConfig method)

get_maximum_segment_length_from_token_count() (prokbert.config_utils.SeqConfig static method) get_maximum_segment_length_from_token_count_from_params() (prokbert.config_utils.SeqConfig method) get_maximum_token_count_from_max_length() (prokbert.config_utils.SeqConfig static method) get_maximum_token_count_from_max_length_from_params() (prokbert.config_utils.SeqConfig method) get_non_empty_files() (in module prokbert.general_utils) get_parameter() (prokbert.config_utils.BaseConfig method) get_positions_tokens() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method) get_rectangular_array_from_tokenized_dataset() (in module prokbert.sequtils) get_set_parameters() (prokbert.config_utils.ProkBERTConfig method) get_vocab() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method)

I

is_valid_primary_key() (in module prokbert.general_utils)

IterableProkBERTPretrainingDataset (class in prokbert.prok_datasets)

L

lca_tokenize_segment() (in module prokbert.sequtils)

load_contigs() (in module prokbert.sequtils) load_vocab() (in module prokbert.prokbert_tokenizer), [1]

M

max_model_input_sizes (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute)

module prokbert.prokbert_tokenizer

N

nucleotide_abc (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute)

P

pretrained_init_configuration (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) pretrained_vocab_files_map (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) pretty_print_overlapping_sequence() (in module prokbert.sequtils) process_batch_tokenize_segments_with_ids() (in module prokbert.sequtils)

prokbert.prokbert_tokenizer module ProkBERTConfig (class in prokbert.config_utils) ProkBERTDataCollator (class in prokbert.ProkBERTDataCollator) ProkBERTTokenizer (class in prokbert.prokbert_tokenizer), [1]

R

rename_non_unique_parameters() (prokbert.config_utils.BaseConfig static method)

S

save_to_hdf() (in module prokbert.sequtils) save_vocabulary() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1] segment_sequence_contiguous() (in module prokbert.sequtils) segment_sequences() (in module prokbert.sequtils)

segment_sequences_random() (in module prokbert.sequtils) SeqConfig (class in prokbert.config_utils) sequence_unk_token (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute) set_mask_neighborhood_params() (prokbert.ProkBERTDataCollator.ProkBERTDataCollator method)

T

tokenize() (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer method), [1] tokenize_kmerized_segment_list() (in module prokbert.sequtils)

torch_mask_tokens() (prokbert.ProkBERTDataCollator.ProkBERTDataCollator method) truncate_zero_columns() (in module prokbert.general_utils)

V

validate() (prokbert.config_utils.BaseConfig method) validate_type() (prokbert.config_utils.BaseConfig method)

validate_value() (prokbert.config_utils.BaseConfig method) vocab_files_names (prokbert.prokbert_tokenizer.ProkBERTTokenizer attribute)